Regelmäßig kam es vor, dass die bisher eingesetzten Pegellatten, das sind einfache Ablesestäbe an den Spundwänden aus Metall, wo man den aktuellen Wasserstand ablesen konnte, durch Einflüsse so verdreckt waren, dass ein ablesen nicht mehr möglich war. Deshalb kam es zu Überlegungen des Hafenamtes, eine Art Uhr zu entwickeln, die das ablesen erleichterte.

Nach einigen Tests und Vorschlägen entschied man sich zum Bau einer Pegeluhr, oder auch Schiffahrtspegel genannt. Diese sollte am Molenkopf installiert werden. Am Kopf des Überseehafens und des Europahafens wurden weitere Pegeluhren installiert. 1952 kamen die neuen Uhren in Dienst.

Es bestand aus einem sog. Pegelschacht, ein geschlitzes Stahlrohr, dass bis zur Hafensole reichte. In diesem Pegelschacht war ein Schwimmgewicht vorhanden, der seine Höhe dem Wasserstand anpasste. Das Gewicht war mit einer Kette verbunden, dessen Ende über ein Zahnrad in die Pegeluhr ging. Das ganze wurde mit einem Kontergewicht versehen. Dementsprechend veränderte sich der Zeigeer auf dem Ziffernblatt. Stand der Zeiger auf “Null“, so war Niedrigwasser.

Stand der Zeiger auf “+3,5“, war Hochwasser. Es kam vor, dass bei Frost die Mechanik streikte. Man griff daher zu einer eher umweltschädlichen Lösung und kippte Dieselöl in die Röhre, um sie wieder gangbar zu machen.

Die Pegeluhr des Überseehafens wurde 1999 demontiert und kann heute am Ladekran des Hafenmuseums Speicher IX angeschaut werden. Die Pegeluhr des Molenkopfes wurde im Zuge der Sanierung des Molenturms 2014 demontiert und wahrscheinlich verschrottet.